剧情：新伙伴YOKO登场。

Inter City
剧情：YOKO加入。还记得B3区东边那个进不去的门吗？现在通往地下道的通路已经开启，可以进入了。
1。地下道的水面上有一个漂浮着的木箱，调查它得到Key Item“水门制御室的钥匙”。
2。利用“水门制御室的钥匙”进入水门制御室，关闭水闸。
3。进入之前被水覆盖的区域，先往水门方向走，在水门附近得到Key Item“ツルハシ（丁字镐）”。
4。进入地下道2，在尽头处发生剧情，YOKO离队。
5。在墙壁的裂缝上调查，用之前得到的“ツルハシ”打通前往钟乳洞的道路。
6。钟乳洞——钟乳洞最深处。
7。钟乳洞最深处要与大BOSS迪诺拉交手，但肯特与MAKI根本就不是他的对手（无法获胜，只要撑住一定回合不死即可）。

剧情：神无泽市毁灭（DISK3终了，DISK4替换）。
剧情：插入歌《ACROSS THE DARKNESS》
剧情：城市各处遭到大批怪物的袭击，卡伊孤军奋战保护市民（会发生几场单人战斗，不过敌人并不强）。YOKO再度登场。
剧情：地下室，肯特与MAKI回忆过去。
剧情：肯特与MAKI的H事件。

最终战前的准备
1。市街地西地区：得到Key Item“神珍铁”。
2。市街地東地区：得到Key Item“幽魔—アンロック”。
3。Inter City：B1-Z1得到Key Item“流星铁矿”，在神珍堂里用“神珍铁”换取Key Item“ドーマンズグラブ”。
4。CRIFHARTS洋馆（グリフハルト邸） ：到2楼书库—用“ドーマンズグラブ”得到“黄金之书”，书内记载了很多重要的道具，如各人的究级武器等。
5。KARKRAND制铁所：到炼铁炉3F把“流星铁矿”抛入炼铁炉，先离开制铁所，过一段时间后再次回来。来到炼铁炉3F可以得到肯特的强力武器“スタークラック”（但不是究极武器）。
6。毁坏的SPAT事务所：记得有一个被封印而无法进入的门吗？用“幽魔—アンロック”解除封印后进入，得到肯特的强力武器“オーガニウム”（但不是究极武器）。
7。神无泽中央病院：剧情：YOKO加入队伍。
8。CRIFHARTS洋馆（グリフハルト邸）：到2楼隐藏部屋—调查墙上原来插有血刀的画——BOSS战（这个BOSS非常强悍，无论攻击力，敏捷度，HP都远远超越我方，要获胜必须借助魔法“レフ。レクス”把物理攻击反弹回去，还要有点儿耐心哦），打倒它后可以获得MAKI的究极武器“パラケルスス”（带诅咒）。
9。破坏的游乐场：通过“恐怖屋”，来到“美术馆”，调查美术馆尽头处的“王者之剑”雕像——BOSS战（同样是个十分可怕的BOSS，要获胜也同样必须借助魔法“レフ。レクス”把物理攻击反弹回去），战胜后得到肯特的究极武器“デスブリンガー”（带诅咒）。
10。进入其他一些上述没有提及的场所（如早已女神社），搜集宝物并炼级。
11。磁衝結界前：剧情发生，再度与蕾丝和芙蕾亚交手（依然不能取胜，坚持约4回合即可），之后YOKO离队，SAKUYA打开结界的入口并入队。